법인세 신고 관련 최근 주요 판례(출처:국세청)

법인세 신고와 관련된 주요 판례를 정리하였습니다. 국세청 자료인 만큼 실질적으로 유용한 내용이 많이 포함되어 있습니다. 관심 있는 부분이 있다면 판례 원문을 직접 확인하시기를 권장드리며, 읽는 중 궁금한 점이 있으시면 언제든 문의해 주시면 친절히 설명드리겠습니다.

1. 특수관계인에게 이자를 수령하지 않은 대여금에 인정이자를 계산하여 익금산입한 처분은 적법한지

• 부당행위

• 요지: 특수관계 법인에게 대출금에 대한 무상담보제공 행위는 비정상적인 거래로 이익분여에 해당함(대법원-2022-두-46053, 2022.09.29.)

2. 협의의 자기주식 처분이익이 합병차익에 해당하는지

• 익금

• 요지: 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식(협의의 자기주식)은 피합병법인의 자산으로 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만, 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속거래로 보아야 함. 협의의 자기주식은 양도성과 자산성을 가지며, 합병에 따라 취득한 자기주식을 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 취득한 자기주식을 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 않으므로, 순수한 자본거래로 보기 어려우며 익금산입 처분은 정당함.(대법원-2018-두-54323, 2022.06.30.)

  
  

3. 조세회피목적의 분할·합병은 세법상의 실질과세원칙에 따라 그 효력을 부인할 수 있는지

• 익금

• 요지: 이 사건 분할･합병은 사업상의 필요 등 다른 합리적인 이유가 없으며, 이를 통해 부동산 장부가액을 높이는 등으로 세부담을 회피하기 위한 거래에 해당함. 구 국세기본법 제14조 제3항에 근거하여 거래의 실질에 따라 분할･합병 없이 직접 양도한 것으로 보고 과소신고한 부동산 양도차익을 익금산입한 처분은 적법함. (대법원-2017-두-41313, 2022.08.25.)

4. 특수관계인에게 이자를 수령하지 않은 대여금에 인정이자를 계산하여 익금산입한 처분은 적법한지

• 부당행위

• 요지: 특수관계인에게 대여금 명목으로 선급금을 지급하고 이자를 수령하지 않은 행위는 부당행위계산부인에 해당함. (대법원-2021-두-56992, 2022.02.24.)

5. 현지법인이 수령한 배당금과 기술자문료를 원고 소득으로 볼 수 있는지 여부

• 익금

• 요지: 현지법인은 배당금과 기술자문료를 수령한 후 원고에게 배당으로 지급할 수 있었음에도 이를 하지 않고 해외에 유보시킴으로써 조세회피 결과를 초래함. 이는 조세회피목적으로 설립된 법인으로 보아야 하며, 현지법인이 수령한 배당금과 기술자문료는 원고의 소득으로 간주함.(대법원-2021-두-45022, 2021.10.28.)

6. 매출총이익법을 적용함에 있어 당해 거래에서 매출총이익과 영업비용 사이의 상관관계 등을 엄격하게 분석하여야 함

• 손금

• 요지: 매출총이익법은 매출총이익과 영업비용 사이의 상관관계를 엄격하게 분석하여 적용되어야 하며, 여기에서의 영업비용은 해당 거래로 인한 매출총이익과 상관관계가 있는 것이어야 함. 다른 거래에도 함께 소요되는 영업비용의 경우에는 상관관계가 떨어진다고 봄.(대법원-2021-두-42481, 2021. 10. 14.)

7. 업무무관 부동산 해당 여부

• 업무무관자산

• 요지: 법인이 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 후 건설을 중단한 경우, 그 중단에 정당한 사유가 없는 한, 당해 건설에 관련된 업무를 진행한 정황이 있더라도 해당 토지는 업무무관 부동산에 해당함. (대법원-2020-두-56667, 2021. 3. 25.)

8. 결손금 감액경정의 행정처분 해당 여부

• 결손금

• 요지: 개정 법인세법 §13① 후문에서 공제 가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소한 이상, 납세의무자는 결손금 감액경정 통지를 받고 이를 곧바로 다투지 않으면 이후 사업연도에서 이월결손금 공제에 대해 종전 결손금 감액경정이 잘못되었다는 주장을 할 수 없으며, 과세관청의 결손금 감액경정은 행정소송의 대상이 되는 행정처분에 해당함.(대법원-2017-두-63788, 2020. 7. 9.)

9. 고유목적사업 지출금의 수익사업 손금 해당 여부

• 손금

• 요지: 비영리법인이 회원들로부터 부담금을 받아 수익사업을 운영한 후 그 이익을 부가금으로 가산하여 퇴직급여 등을 지급하는 공제사업을 영위한 경우, 부가금은 고유목적사업준비금 손금산입 한도 내에서만 손금으로 산입할 수 있으며, 수익사업에 대응하는 이자비용으로 보아 전액을 손금산입할 수는 없음.(대법원-2018-두-32330, 2020. 5. 28.)

10. 기술사용료 채권 포기의 부당행위계산 부인 해당 여부

• 부당행위

• 요지: 원고는 국외 특수관계자인 A에게 신기술을 제공하였으나, A가 기술사용료를 전혀 지급하지 않고 있음에도 불구하고 원고는 기술사용료 채권을 회계장부에 한 번도 계상하지 않았고, 10년 동안 A에게 기술사용료 지급 청구를 하지 않는 등 채권 회수를 위한 아무런 노력도 하지 않았으므로, 원고가 A에 대한 기술사용료 채권을 포기한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 적법함.(대법원-2018-두-56459, 2020. 3. 26.)

11. 법인이 직원들의 소득세를 대납하고, 이를 직원들에 대한 인정상여로 임의 계상한 경우 법인의 통상적 손금이 아님

• 손금

• 요지: 법인이 직원들이 납부해야 할 소득세를 대납하고 이를 임의로 인정상여로 계상하여 법인의 손금으로 처리하였으나, 현장성 경비를 보전하기 위해 지급되었다고 볼 수 있는 증거가 없으므로 법인의 통상적 손금으로 인정될 수 없음.(대법원-2019-두-47315, 2019. 11. 14.)

12. 법인의 주식과 경영권을 함께 양도하는 경우 부당행위계산 부인 해당 여부

• 부당행위

• 요지: 원고회사와 원고회사의 임원들(이 사건 이사들)이 AA법인의 주식 및 경영권을 일괄 양도하면서 양도가액을 주식수 비율대로 나누어 가진 경우, 경영권 프리미엄과 관련 없는 이사들의 양도분은 원고회사가 받아야 할 경영권 프리미엄 중 일부를 분여한 것으로 보아 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 됨.(대법원-2016-두-54213, 2019. 5. 30.)

13. 외국법인에게 주식양도대금을 지급함에 있어서, 양도차손이 발생한 경우에도 지급명세서 제출의무가 발생하는지

• 가산세

• 요지: 외국법인이 국내 주식을 양도함으로써 양도차익뿐만 아니라 양도차손이 발생한 경우에도, 주식양도대금을 지급한 자는 지급명세서 제출의무가 있으며, 이를 제출하지 아니한 사실에 대해 가산세를 부과한 처분은 정당함.(대법원-2018-두-44746, 2018. 4. 25.)

14. 정규증빙미수취 가산세 대상금액은 부가가치세를 포함하지 않은 공급가액임

• 가산세

• 요지: 법인세 과세표준과 관련이 없는 부가가치세 부분에 대하여도 가산세를 부과하는 것은 비례의 원칙에 반하므로, 정규증빙미수취 가산세는 부가가치세를 포함하지 않은 공급가액을 기준으로 부과함.(대법원-2017-두-58717, 2017. 12. 7.)

15. 특수관계인으로부터 제3자배정방식으로 신주를 저가로 인수한 경우 법인세법상 익금에 해당하는지 여부

• 업무무관 가지급금

• 요지:개인주주를 이익분여자로 보기 위해서는 자본거래로 인하여 개인주주에게 귀속될 이익이 있었음을 전제로 하며, 이익의 분여자가 주식발행법인의 개인주주라 하더라도 법인세법상 익금에 해당함.(대법원-2017-두-50980, 2017. 10. 26.)

16. 담합법인에게 지급한 입찰포기 대가의 손금 해당 여부

• 손금

• 요지: 담합행위는 공정거래법 위반행위로, 지급한 담합사례금은 법인세법 제19조 제2항에서 규정한 사업 관련 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라고 할 수 없고, 사업과 직접 관련된 비용도 아님.(대법원-2017-두-69750, 2017. 10. 26.)

  
  

17. 지급수수료 손금불산입 및 업무무관 가지급금 지급이자 손금불산입

• 손금

• 요지: 법인이 리모델링 사업으로 얻은 수익을 주주에게 유상감자 방식으로 배분하면서, 기존의 주주에게 경영권 확보 대가 등을 사업 관련 수수료 명목으로 지급하였더라도, 그 수수료 성격이 단독주주로 남게 되는 주주가 부담할 비용의 성격이라면 법인의 손금에 산입할 수 없으며 대표자 상여처분은 정당함. (대법원-2016-두-56981, 2017. 2. 23.)

18. 법인의 손금 해당 여부

• 손금

• 요지: 피고가 사업과 관련 없는 비용으로 본 금융자문수수료는, 원고가 사업 진행 초기단계에서 필요한 자금의 조달방법, 거래구조개발, 사업타당성 등에 대한 자문을 그 내용으로 하는 것으로, 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용인 바 원고의 손금에 해당함.(대법원-2015-두-50146, 2016. 3. 10.)

19. 임원 퇴직급여 지급규정에 의하여 특정 임원에게 과다하게 지급한 금액 손금산입 여부

• 퇴직급여

• 요지: 임원 퇴직급여 지급규정에 의하여 지급하더라도, 퇴직급여의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 목적으로 과다하게 지급할 경우에는 ｢법인세법 시행령｣ 제44조 제4항 제2호의 규정에 따라 산정된 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입할 수 없음.(대법원-2015-두-50153, 2016. 2. 18.)

20. 특수관계법인간 상표권 사용

• 부당행위

• 요지: 원고의 상표를 자회사가 무상으로 사용하게 한 것은 경제적 합리성이 없어 부당행위계산부인 대상에 해당하며, 그 적정 사용료를 감정평가액으로 산정한 것은 적법함(국승). 수탁자가 해당 분양계약의 당사자로서 부가세 납세의무자이므로, 위탁자 겸 수익자인 원고에게 부과된 부가세 부과처분은 위법함(파기환송–국패취지).(대법원-2018-두-33005, 2023. 5.)

21. 업무무관 가지급금 해당 여부(무수익자산 여부)

• 부당행위

• 요지: 법인의 자금을 유용하는 행위는 애당초 회수를 전제로 하지 않은 것으로, 해당 금액의 지출 자체가 이미 사외유출에 해당함. 또한, 사외유출금 중 대표이사나 실질적 경영자 등에게 귀속된 부분에 대해 소득세 납세의무가 성립하면, 사후에 귀속자가 소득금액을 법인에게 환원시켰더라도 이미 발생한 납세의무에는 영향을 미치지 않음.(대법원-2023-두-50288, 2023. 11. 30.)

22. 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 자회사의 주식을 보유함으로써 발생하는 수입배당금액에 대해 익금불산입 특례가 적용되지 않는지 여부 및 가산세 면제사유 판단 기준시점

• 익금

• 요지: 주식 취득 시기에 대해 대금의 잔금청산일로 일률적으로 볼 수는 없지만, 이 사건 주식매매계약에서는 쟁점 주식의 취득 효력을 매매대금의 잔금청산일로 합의한 것으로 판단됨. 따라서 쟁점 배당금은 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식에서 발생한 수입배당금액에 해당함. 또한, 가산세 면제사유 판단 기준시점은 원칙적으로 신고·납부기한이며, 신고·납부기한 이후 이루어진 세무조사결과통지는 가산세 면제사유 판단에 고려할 사항이 아님.(대법원-2023-두-55405, 2024. 1. 11.)

23. 토지와 건물을 가액의 구분 없이 일괄양도한 경우 토지와 건물가액을 기준시가의 비율에 따라 안분하는 것의 적법성

• 익금

• 요지: 토지와 건물의 매도가액을 구분하지 않고 일괄매도 방식으로 매매계약을 체결하고, 토지에 관한 감정평가액만 있는 경우, 양도가액을 토지 및 주택의 기준시가로 비례안분하여 토지의 매도가액을 결정한 것은 적법함. 이에 따라 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용한 부과처분은 적법함.(대법원-2023-두-51618, 2023. 11. 30.)